昆山华藏寺，由位于昆山马鞍山原慧聚寺子院演变而来。慧聚寺，建于梁代天监十年（公元511年）。吴兴沙门慧向为该寺之开山鼻祖。慧向，为梁武帝萧衍之师。梁武帝赐铁香炉、丝绣佛像，又赐田二顷、山一座、木千枝。
慧向初来昆山时，因放锡禅坐于马鞍山胁石室，以二虎为侍，思欲立精舍而不能。相传当夜，风雨暴作，林木怒号，朴斫之声闻于远近，人皆怪之。翌日，黎明时刻，殿基成，台阶基石砌就，是山神之助。初建时，有大殿、小殿。至唐武宗会昌间（公元841—846年），诏毁天下佛宇，慧聚寺亦遭其难。
北宋宣和间（公元1119—1125年），由信法师将马鞍山东北麓之慧聚寺子院改建为十方贤者讲寺，并易名为“华藏讲寺”。南宋淳祐戊申之秋（公元1248年）由僧良拱复建大佛阁，名为“神运大雄氏殿”。明洪武十三年（公元１３８０年），僧大雅将“华藏讲寺”从马鞍山北麓移建于西山之巅。明万历二十二年（公元1594年）僧寂默重建山门和天王殿。
在山顶有一凌霄塔，又名至尊多宝塔，一说由慧向建于梁天监十年(公元511年) ，一说建于唐代。元大德三年（公元1299年），僧延福、希范重建该塔。明万历三十二年（公元1604年），僧寂默重修凌霄塔成七层。
清康熙四十四年（公元1705年）春，康熙皇帝巡幸马鞍山，并登文笔峰，作诗留题。知县将其址改建为“皇亭”，右为圆聚山房，转西为三官殿，称小云台，又有真武殿居文笔峰巅，旁为地藏殿，其侧为文星殿，其前为春风亭。百里楼前左偏为含秀山房，中有半隐藏楼，其东为圆静庵，后改葺为观音殿，其西为问龙阁，其景美不可胜。
清咸丰十年（公元1860年），除凌霄塔外，均毁于兵。
民国二十三年（公元 1934年），邑人重修凌霄塔，不料修至第七层时，“八一三”事变爆发，后塔遭日机轰炸，塔受损。民国二十六年（公元1937年），日侵华，山寺被炸，山被日军所占。胜利后僧人搭建平房三间，一直维持到1949年解放。
1992年6月，昆山市人民政府批准重建华藏寺，地址在马鞍山南麓翠微阁西，用地面积五亩。1997年8月，华藏寺再次易地重建于马鞍山之南、马鞍山路之北、亭林公园西大门之东，建筑面积3000平方米。2001年10月华藏寺竣工。2004年6月5日举行开光庆典，由秋风大和尚致答谢词。寺院前有横跨在小溪上的伯生桥，寺院楼宇俱宋代建筑风貌，巍巍壮观，屋顶为金黄色的琉璃瓦，有天王殿、大雄宝殿、观音殿、地藏殿等，规模宏大。
1998年10月5日，中共中央总书记、国家主席江泽民视察昆山亭林公园时在园内华藏寺旁亲切接见了秋爽法师等，勉励僧人们要爱国爱教，为民造福。