重元寺始建于梁武帝天监二年（公元503年），与寒山寺、灵岩寺、保圣寺同时代。梁武帝萧衍以佛化治国。一时上行下效，全国崇佛。某日傍晚，住在长洲县衙西北二里处的官员陆僧瓒，见官宅上空祥云重叠，便突发奇想，立即奏请梁武帝，主动建议舍弃自家官宅，在原地改建一座寺庙，并为寺庙取名“重云”。
2005年12月，重元寺重建奠基。恢复重建的重元寺位于苏州工业园区唯亭镇浅水湾。重元寺的重建，坚持继承佛教传统，整个工程的设计施工定位在宗教与旅游相结合，历史与现实相结合，复古与创新相结合， 环保与发展相结合，文化与研究相结合。作为江南第一大寺庙建筑群，重元寺以做精品为目标，传世为宗旨，为苏州佛教事业和传统文化的传承发展与慈善事业，提 供了一个更为广阔的交流和发展空间。
重元寺设计起点高，建筑形式古，创意新颖，建筑空间的参与性强，重建重元寺的方案和施工已经做到：经典有依据，历史有传承，义理有创新，方便有特色，功能有感应五项原则。
重建的重元寺占地三百余亩，整个项目分为寺庙区、观音岛区、佛教文化公园区和商业区四个部分， 其中观音岛上将供奉目前中国室内最大的高３３米的观音主像。重元寺重建后，水上观音院－－重元禅院－－药师塔相互呼应，又与佛教文化景点相互配合，建成以 关爱生命、度生护法为宗旨的佛教文化区，表现出莲花佛国的观音道场特色和万佛庄严的独特风貌。