崇宁寺，始建于南北朝时期梁天监八年（公元509年）。由 于梁武帝萧衍虔信佛教，曾花费大量钱财广建寺塔，塑造佛像。梁武帝后来声言连皇帝也不做，四次皈依佛教，出家为僧，都被朝廷以巨款赎回，因此被称为“皇帝菩萨”。唐代诗人杜牧有诗云“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”，可见当时佛教之盛。崇宁寺即由梁武帝敕建而成，距今已有近1500年历史。
崇宁寺，本在巴城镇北，占地六亩，历代屡有兴废。该寺初以庵名，明天顺八年（公元1464年），僧存鼎重新扩建，改为崇宁寺。前有山门，置四天王与石弥勒佛，后隔园地，雄峙正殿，旁置巨钟，正殿设两庑廊厢，座罗汉五百尊。后殿石级石柱。寺北偏西有佛楼斗姆阁，东为僧舍神殿20余间。整个寺刹高大恢弘，气势非凡。明弘治十三年（公元1500年），又得以重修，是当时昆山著名的佛教丛林之一，法事活动频繁，在信徒中有着较高的地位。《巴溪志》载：“夫十朝古刹，一方香火，福国佑民”。至清雍正三年（公元1725年）又重建山门，并立碑记之，称“重建山门记”。
千百年来，沧海桑田，崇宁寺历经兵燹。至上世纪三、四十年代，日寇侵华，昆山城乡均遭惨酷蹂躏，巴城崇宁寺也毁于日寇炮火，仅存山门、后殿与斗姆阁。1983年8月巴城小学建教学大楼时，将最后所剩的后殿拆除，至此，殿宇全部毁之无存，唯留碑石保存至今，碑文因年代久远，略有风化。摄于民国十七年（1928年）的旧照图片依稀可辨古寺当年风貌。
崇宁寺“山形环抱，竹树繁蔚，实幽胜之地也”。（《巴溪志》载）该寺西临巴城湖，北望古虞山，风光独秀。古诗《禅寺钟声》云：“古寺白云封，红尘隔几重。一僧清早起，敲动景阳钟”。描绘了寺僧晨起敲钟的日常生活情景，此为“巴溪八景”之一。
崇宁寺“山形环抱，竹树繁蔚，实幽胜之地也”。（《巴溪志》载）该寺西临巴城湖，北望古虞山，风光独秀。古诗《禅寺钟声》云：“古寺白云封，红尘隔几重。一僧清早起，敲动景阳钟”。描绘了寺僧晨起敲钟的日常生活情景，此为“巴溪八景”之一。
明代吴门画派著名画家沈周《夜宿崇宁寺》有诗：“渚田漠漠水程通，落景萧萧野寺空。佛座庄严苔借碧，僧窗点缀叶留红。灯临浊酒三更月，棹倚重湖叠浪风。旧舍故人今独少，相思一一不眠中”。描绘出了古寺深夜人天俱静的景致。
1992 年，巴城镇人民政府本着发展旅游业，改善投资环境，建设现代化小城镇的发展需要，向昆山市人民政府提交了《关于恢复文物古迹和重建“巴王庙”的报告》，计划以分期实施、逐步完善的办法，恢复已被毁坏的文物古迹，其中即有崇宁寺。在昆山市委、市政府及市宗教局的关怀领导下，历经风雨，几度沧桑的千年古刹崇宁 寺，于2002年春易地重建。
经过精心修复的崇宁古寺，矗立在碧波荡漾，风景秀丽的阳澄湖畔。这座具有明代建筑风格的古寺，占地一万余平方米，恢复了“一阁两厢三殿”的格局，该工程历时三载有余，于2005 年9月25日举行了隆重的落成典礼暨玉佛开光仪式，近千人出席庆典活动。古刹重生，风景、格局大胜于昔。“崇宁古寺”之匾，为现任中国佛协会长一诚长老所 题。寺前的觉悟桥及飞檐斗拱的天王殿、大雄宝殿和藏经楼，雄踞守寺大院的中轴线。玉佛阁的建造是近代古典建筑的精品，是古代建筑艺术在新时期的生动展示。在总高度15.8米，宽约10米，进深有9米的建筑中，四根名贵的巴西红木立柱高擎，其间供奉近两米高的缅玉玉佛。上方屋顶是一个呈螺旋形盘旋的佛像图，层层叠叠的佛像造型共有396尊，这不但是当 代工匠精湛手艺和聪明智慧的展示，也表现了佛教文化的博大精深，在江南寺院中实属罕见。全寺东、西各主要建筑，或梁或门，都雕刻或彩绘有佛教故事，共达千余幅之多，这在全国寺院中也是绝无仅有的。寺西侧临湖岸处，建有“佛光山庄”，装修素朗、雅致而大气。这里水天一色，梵呗相闻，既显佛地悠远清韵，也便游 人休神怡情。
如今信众和游人进入古寺，仰看牌坊题刻“欲植净因莫问他处，思归下道且入此门”，定会令人顿生参佛之心。走出古寺时，拜读牌坊楹联：“娑婆有尽莲台在望，苦海无边回头是岸“，韵味无穷。